多由精神紧张引起，如肛门直肠的神经官能症、阴部神经的症候群、坐骨神经痛以及尾骨神经痛反射至肛门而引起肛门疼痛；

如外伤、直肠内异物、辛辣食物及酗酒等均可刺激肛门，而引起疼痛；

即肛门直肠周围脓肿、肛窦炎、肛乳头炎等，这些疾病也可造成肛门疼痛；

如痔疮嵌顿、炎性外痔、血栓外痔、肛裂、肛瘘等，均可引起肛门疼痛；

肠道感染，可使炎症刺激肛门，腹泻和便秘可使粪便通过肛门时，机械性刺激肛门，从而导致肛门疼痛；

无论良性肿瘤，还是恶性肿瘤，其表面黏膜感染或直接压迫肛门部，都可引起肛门疼痛。晚期肛管直肠癌侵犯神经，可导致剧烈疼痛。