肛门直肠周围脓肿的治疗原则，主要是控制感染扩散，减轻患者的痛苦。少数肛周脓肿用抗生素、热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需手术治疗。手术方式分为2种：

一种是单纯脓肿切开引流，形成肛瘘后二期手术治疗；

另一种是手术，即脓肿切开引流的同时一并处理内口，避免形成肛瘘。两种手术各有利弊，单纯切开引流后形成肛瘘的机会非常高，仍需再次手术。采用哪种术式要根据术中切开脓腔后是否找到内口、脓肿的位置、患者全身状态及术者的经验水平等具体情况决定，不要事先就武断的决定术式。在此，我们在此强调，在急性炎症中，找内口有困难时，不应盲目寻找，以免炎症蔓延或形成假道，仅做切开排脓，待形成肛瘘后，再做肛瘘手术。