治疗直肠黏膜内脱垂，除了服中药外，还可以采用针灸和消痔灵注射法。

针灸治疗直肠黏膜内脱垂其原则和常用穴位与治疗直肠脱垂的针灸法一样，但由于这方面的临床资料很少，所以其治效果果目前尚无法评估。

用消痔灵（也有用芍倍注射液的）注射治疗直肠黏膜内脱垂是目前临床上较常用的方法，其操作方法和程序与治疗直肠脱垂的注射法基本一样，只是治疗直肠脱垂是选三个母痔区，从上到下行柱状注射，而治疗直肠黏膜内脱垂则是哪里松弛脱垂就在哪里注射。一般治疗直肠黏膜内脱垂主要是在直肠前壁（女性尤其如此）注射，所以直肠前壁是注射治疗的重点区域。

另外，采用PPH方法也可以治疗直肠黏膜内脱垂，此方面已有报道。

目前还没有靠口服西药治疗直肠黏膜内脱垂的报道。