根据直肠脱垂的程度和肛门括约肌的情况可分别采用不同的手术方法治疗。如Ⅱ度至Ⅲ度脱垂，伴有明显粘膜松弛者，宜采用直肠瘢痕支持固定术。Ⅲ度脱垂伴有肛门不失禁者，宜采用肛门紧缩术或肛门环缩术。班度脱垂伴肛门失禁者，宜采用外括约肌折叠术等方法。手术办法相对复杂，要求条件也高，患者一定要到正规医院肛肠科去治疗。

直肠瘢痕支持固定术也叫直肠脱垂黏膜柱状结扎术，即将脱垂黏膜结扎，待其坏死脱落后形成多个柱状瘢痕支持固定点，以防止直肠脱垂。临床上常将此法与注射法结合起来应用，效果很好。

另外，近些年外还有一种PPH方法治疗直肠粘膜脱垂，亦即采用吻合器套扎脱垂的直肠黏膜。该法对直肠黏膜内脱垂、直肠Ⅰ度脱垂效果好。