祖国医学无慢性肠炎的病名，但根据其病的临床特点，属中医学的慢性腹痛、慢性腹泻范畴。其发病原因可见脾胃虚弱、肾阳虚衰、和肝气乘脾、瘀阻肠络等。其病位，本病在脾胃，与肝肾密切相关。其病性，本虚标实，虚实夹杂。脾胃肝肾之气失司为本，胃肠功能失调为辅，致气血逆乱，脏腑失调，阴阳不和等病理变化。清浊不分、混杂而下，走于大肠泄泻为其临床特点。

1、脾胃虚弱

久病不愈或寒湿之邪困阻中焦，使脾胃虚弱。脾为中土，喜燥恶湿，主运主升。胃乃腑脏，喜润恶燥、主受纳主降。两者相辅相成，一纳一运，燥湿相济，共同完成吸收转运水谷功能。今脾胃虚弱，清浊不分，升降失和，致气机逆乱，致水反为湿，谷反为滞，湿滞内停，肠腑混浊而下，遂成本病。

2、肾阳虚衰

肾为先天之本，又为命门之火脏，主一身阳气，具有温煦、气化、推动气血、脏腑的功能。肾阳不足，命门火衰，脾阳得不到阳气的温煦，致脾肾阳虚，阴寒积盛，胃关不固，中气下陷，运化失司，久泻不止，疼痛缠绵，致发本病。