肛周克隆病的治疗依病情的不同而不同，总的原则是以保守治疗为主。

（1）痔：克隆病发生内痔的不多；若并发内外痔，尽量保守治疗，若做手术，伤口很可能不愈合，保守治疗的方法是中药坐浴和外用栓剂或膏剂（具体用药参看相关内容）。

（2）肛门裂：肛门裂疼痛剧烈，但肛周克隆病之肛裂不要轻易手术，较好中西药联用，内服外洗配合。如内服西药甲硝哇，每次0.2克，每日3次，配合服强的松龙，每次10毫克，每日3次，同时中药棱莪乳没汤坐浴，每日1次，坐浴后外涂医博软膏。如此治疗大多数患者都能有效。

（3）肛门瘘和肛周脓肿：克隆病患者的肛瘘或肛周脓肿可以单独发生于肛门直肠，也可以与高位肠道病变共存。若克隆病肛瘘与肛周脓肿和高位肠瘘、脓肿共存，可以一并手术治疗；若是单发于肛门的瘘和脓肿，较好先使用抗生素、甲硝唑、中药内服（如用仙方活命饮）等保守办法，只要病情不恶化，尽量不要做手术。

（4）肛门狭窄：很多克隆病患者存在轻度的肛门狭窄，一方面慢性腹泻，炎症刺激导致肛门狭窄，另一方面肛管溃疡，瘢痕增生，导致肛门狭窄。轻度肛门狭窄者，可用热水或中药（活血化瘘药，如棱莪乳没汤）坐浴以加强局部血液循环，消炎消肿，软化瘢痕，使症状减轻；严重肛门狭窄者，可在局麻下行扩肛术，术后用中药坐浴。