克隆病的并发症比较多，大体可分为局部并发症和全身并发症两大类。

（1）局部并发症：缺铁性贫血，这是慢性失血和叶酸缺乏的结果。低蛋白血症，这是肠道持续丧失蛋白质所致。肠梗阻，这是肠道炎症造成局部瘢痕形成和狭窄所致。肠道瘘管，内瘘多于外瘘，发生率在26％~48％之间。肛周克隆病，可以看作是克隆病的局部并发症。

（2）全身并发症：皮肤病，多见结节性红斑、坏疽性脓皮病等。骨关节病，多见强直性脊柱炎、关节炎、骨质疏松等。肾脏并发症，可见肾结石、泌尿道瘘管等。肝胆并发症，常见脂肪肝、肝硬化、胆石症、胆管炎、胆管癌等。眼部并发症，可见结膜炎、虹膜炎、葡萄膜炎等。由于克隆病缺少特异性，所以了解它的并发症对诊断克隆病有一定的帮助。