克隆病病因到目前为止尚不明确，只是发现它与以下一些因素有关。

（1）遗传：克隆病在不同的种族之间的发病率存在着明显的差异，在同一家族中发病率较高，这一种族与家族之间发病的差异提示克隆病的病因可能与遗传有关。

（2）生活习惯与嗜好：吸烟者和生活条件优越又不喜欢运动者发病率要高于不吸烟和活动多的人，因此考虑克隆病与生活习惯和嗜好有关。

（3）其他：经济社会地位较高，肠道动力学功能比较差的人发病率高于一般的平民和体力劳动者。还有研究认为口服避孕药是克隆病发病的因素之一。